Flekkefjord Frikirke har et diakonråd med ansvar for praktiske og økonomiske oppgaver. Diakoner kalles av menigheten og sitter tre år av gangen.
Flekkefjord Frikirke har et eldsteråd som er menighetens styre og tar avgjørelser innen åndelig ledelse og personalbehandling. Eldsterådet er ordinerte medlemmer kalt av menigheten med funksjon fram til pensjonistalder.
Menighetsråd består av både eldsteråd og diakonråd. Menighetsråd fremmer forslag til menighetsmøtet om ansettelser, budsjett og større investeringer.
I Flekkefjord Frikirke er Menighetsmøtet er øverste beslutningsmyndighet i menigheten. Valg avgjøres av medlemmer som har stemmerett.
Kari S. Danielsen, Lars Aksel Teistedal, Asbjørn Skåland (permisjon), Ruben Ravnå, Inger M. Fredheim og Vidar Andersen.
Åse Haraldsen Lyseng, Rolf Bernhard Strømland, Berit Løvgren, Eva Andersen, Petter Rappe, Reidar Frøsland og Tormod Fredheim.